Dasar-dasar (bagian 2 dan 3) perintah Antarmuka Perintah Baris (APB) untuk pemodel molekul
Posted by enade in molmod-101 on 09. Nov, 2011 | 0 Comments
Terimakasih untuk Muhammad Radifar yang telah berkenan meluangkan waktu untuk berbagi tentang strategi mengusai antarmuka perintah baris (command line interface (CLI)) UNIX/LINUX. Artikel-artikel berikut merupakan lanjutan dari tulisan terdahulu di tautan berikut: http://molmod.org/2011/10/29/kiat-praktis-bermain-di-cli-dan-perintah-dasar-yang-harus-dikuasai/ (silakan klik ntuk mengunduh file dalam bentuk .pdf): – Bagian 2: “Navigasi” – Bagian 3: “Administrasi” *Artikel-artikel ini dikonversi dari format .odt [...]
Mengenal tipe berkas .pdb 101 – Tipe berkas penyimpan data 3D protein
Posted by enade in molmod-101 on 04. Nov, 2011 | 0 Comments
Dari hasil diskusi dan refleksi dari berbagai pelatihan, pembelajaran dan pengusaan teknik RPOBK meliputi teknik penambatan molekuler (English: molecular docking), simulasi dinamika molekul dan bahkan sekedar visualisasi amat sangat terbantu dengan memahami tipe berkas (English: file) ini. Tipe berkas .pdb ini merupakan kependekan dari protein data bank, berisi koordinat tiga dimensi (3D) atom-atom penyusun senyawa dalam format baku [...]
Visualisasi Molekul 101 – Instalasi PyMOL
Posted by enade in molmod-101 on 30. Oct, 2011 | 0 Comments
Setelah mempelajari (dan semoga sudah menguasai) CLI, maka tahap selanjutnya yang disarankan sebelum bergerak ke teknik yang lebih terarah adalah mengusai teknik visualisasi molekul. Dengan mengusai teknik ini, setidaknya peneliti bisa mempelajari molekul baik target maupun desain ligan dan menampilkan dalam laporan penelitian/publikasi ilmiah maupun presentasi yang cantik. Dengan menguasai teknik ini saja (dan tentunya [...]
Kiat praktis bermain di CLI dan perintah dasar yang harus dikuasai
Posted by enade in molmod-101 on 29. Oct, 2011 | 0 Comments
Sekedar mengingatkan dan meneruskan tulisan di sini, CLI adalah command line interface atau antarmuka perintah baris yang mutlak harus dikuasai sebagai pemodel molekul. Setelah sukses mengintal Ubuntu, terminal ini dapat diakses dengan membuka Applications > Accessories > Terminal Kiat pertama: Belajar mengetik cepat dan tepat! Silakan bermain-main di tautan berikut (dan silakan cari tautan yang memberi [...]
Pemodelan Molekul – Kimia Komputasi 101
Posted by enade in molmod-101 on 29. Oct, 2011 | 9 Comments
Terima kasih kunjungannya! Tulisan ini disusun untuk menyampaikan hasil refleksi setelah perjumpaan dengan banyak pegiat dan simpatisan pemodelan molekul terutama yang bergerak di kimia medisinal komputasi a.k.a rancangan dan pengembangan obat berbantukan komputer (RPOBK). Kesan pertama yang ditangkap adalah antusias dan semangat dari para pegiat dan simpatisan melihat kemajuan kimia medisinal komputasi saat ini. Hal [...]
