Sidik jari interaksi struktur: Menghitung secara automatis Tc-SIFT
Posted by enade in molmod.os on 06. Jan, 2012 | 0 Comments
Berkas: PLANTS-SIFT.tar.gz Keterangan: Berisi shell script run.sh dan contoh-contoh berkas untuk masukan (input) guna menghitung Tanimoto similarity (Tc) dari Structure Interaction Fingerprint (SIFT). Diawali dengan menghitung SIFT dari ligand referensi dilanjutkan penambatan molekul dan setiap pose yang dihasilkan dari penambatan molekul dihitung SIFT-nya dan dihitung Tc-nya dibandingkan dengan ligand referensi. Hasil dikoleksi dan dikopi ke [...]
Uji in silico COX-2 mengacu Yuniarti, dkk (2011): Menggunakan GUI berbantukan BKChem
Posted by enade in molmod.os on 19. Nov, 2011 | 6 Comments
Berkas: molmod_yuniarti-et-al_2011.tar.gz Keterangan: Berisi script shell untuk menguji senyawa berpotensi sebagai inhibitor COX-2 secara in silico. Decision support system ini akan memberikan luaran berupa rekomendasi apakah senyawa layak atau tidak untuk dilanjutkan dalam uji in vitro/in vivo. BKChem diperlukan sebagai antarmuka pengguna-grafis (APG/GUI) untuk input senyawa. Oleh karena itu selain aplikasi-aplikasi dalam Ubuntu 10.04 yang [...]
Optimasi SPORES dan validasi dasar protokol penambatan molekul menggunakan aplikasi PLANTS1.2
Posted by enade in molmod.os on 05. Nov, 2011 | 0 Comments
Berkas: paket_optimasi-SPORES.tar.gz Keterangan: Berisi script-script shell yang berguna untuk melakukan optimasi preparasi ligan referensi maupun protein target menggunakan SPORES dan secara simultan melakukan validasi dasar (melihat reprodusibilitas dari protokol; fungsi obyektif = RMSD) simulasi penambatan molekul menggunakan aplikasi PLANTS pada protein target terpilih dengan ekstensi dan berformat .pdb. Dengan memanfaatkan script-script shell ini, maka hampir [...]
