Sidik jari interaksi struktur: Menghitung secara automatis Tc-SIFT
Posted on 06. Jan, 2012 by enade in molmod.os
Berkas: PLANTS-SIFT.tar.gz
Keterangan: Berisi shell script run.sh dan contoh-contoh berkas untuk masukan (input) guna menghitung Tanimoto similarity (Tc) dari Structure Interaction Fingerprint (SIFT). Diawali dengan menghitung SIFT dari ligand referensi dilanjutkan penambatan molekul dan setiap pose yang dihasilkan dari penambatan molekul dihitung SIFT-nya dan dihitung Tc-nya dibandingkan dengan ligand referensi. Hasil dikoleksi dan dikopi ke direktori utama dalam bentuk .csv ber-HEADER (Nama, SIFTs (SIFT per residu asam amino), Tc_SIFT).
Prasyarat: PLANTS1.2 sudah teristal “sempurna” (Jika sudah bisa menjalankan paket ini, maka bisa dipastikan PLANTS1.2 terinstal sempurna). Aplikasi statistik R sudah terinstal lengkap dengan package “vegan”.
sulaiman_zubair
Mar 1st, 2012
Pak enade, sy suda run paket ini n berhasil. n sy coba dgn ligand yg lain, tdk bisa. krn all_sift.csv nya ngga ada ket. residu n Tc. btw, file tsb dapatnya darimana pak ya?apa diinput manual sendiri dgn melihat interaksi ligand dan protein di yasara atau bagaimana ya?
Kl dgn program PyLIPx radif itu bedanya dimananya ya?