Uji in silico COX-2 mengacu Yuniarti, dkk (2011): Menggunakan GUI berbantukan BKChem
Posted on 19. Nov, 2011 by enade in molmod.os
Berkas: molmod_yuniarti-et-al_2011.tar.gz
Keterangan:
Berisi script shell untuk menguji senyawa berpotensi sebagai inhibitor COX-2 secara in silico. Decision support system ini akan memberikan luaran berupa rekomendasi apakah senyawa layak atau tidak untuk dilanjutkan dalam uji in vitro/in vivo.
BKChem diperlukan sebagai antarmuka pengguna-grafis (APG/GUI) untuk input senyawa. Oleh karena itu selain aplikasi-aplikasi dalam Ubuntu 10.04 yang sudah dibahas sebelumnya, aplikasi BKChem juga harus sudah terinstall sebagai prasyarat.
Berikut adalah tutorial praktis cara penggunaan:
1. Buka Terminal
2. Di Terminal, direktori kerja dinavigasikan ke direktori molmod_yuniarti-et-al_2011 (hasil ekstrak berkas molmod_yuniarti-et-al_2011.tar.gz)
3. Ketik perintah:
./insilico-test_COX2.sh
4. Akan muncul jendela BKChem dengan nama berkas test.mol. Silakan gambar senyawa yang akan diuji dalam moda 2 dimensi.
5. Setelah selesai digambar, hasil TIDAK di-save, melainkan di-EXPORT dalam format berkas .mol dengan cara klik File > Export > Molfile. Akan muncul jendela konfirmasi dan langsung klik Save. Nama test.mol adalah default setting script ini jadi TIDAK untuk diganggu gugat. Biarkan tetap me nggunakan nama test.mol.
6. Setelah sukses meng-EXPORT berkas input test.mol, keluar dari BKChem dengan klik tanda silang di sudut jendela BKChem atau klik File > Exit. Akan muncul jendela pertanyaan konfirmasi. Klik Close karena kita sudah meng-EXPORT. TIDAK perlu lagi d klik Save maupun Cancel.
7. Pembuatan berkas input sudah selesai dan script akan menyelesaikan pekerjaan penapisan virtual. Silakan ditunggu sambil rileks. 
Cara penggunaan dan keterangan, lengkap dengan lisensi serta disclaimer/penyangkalan dapat ditemukan dalam berkas READ.ME dan BACA.BERKAS.INI.TERLEBIH.DAHULU yang dapat ditemui setelah berkas molmod_yuniarti-et-al_2011.tar.gz diekstrak.
radifar
Nov 29th, 2011
Wow,that was fun!
Barusan coba menjalankan script itu dan asal gambar di BKChem terus voila!
luarannya:
Hasil: Senyawa yang anda uji memiliki skor = -88.8517
Sementara senyawa ko-kristal (S58) memiliki skor = -100.665
dan senyawa referensi penentu usulan Yuniarti, dkk (2011) ZINC3814717 memiliki skor = -89.8984
Senyawa yang anda uji memiliki skor in silico yang TIDAK lebih baik dibandingkan senyawa ko-kristal (S58) maupun senyawa referensi penentu usulan Yuniarti, dkk (2011) ZINC3814717.
Senyawa tersebut diprediksi bukan inhibitor COX-2.
hahahaha, benar-benar memudahkan para pengguna kimia komputasi. Satu hal yang membuatku takjub adalah betapa mudahnya melakukan penambatan molekul hanya dengan menggambar molekul dalam 2 Dimensi.
Dan dengan ini saya semakin setuju, BKChem musti menjadi perkakas pembangun molekul pilihan pemodel molekul
Enade "DosenGila"
Nov 30th, 2011
Aku kira BKChem sama dengan peranti lain. Aku pribadi lebih suka ChemAxon dalam hal ini. Hanya saja ChemAxon butuh registrasi dan lisensi untuk riset akan kadaluwarsa setelah 2 tahun. BKChem ini free dan dapat diinstall hanya dengan sudo apt-get install. “Kelemahan” dalam hal ini dari BKchem adalah dia bukan aplikasi pemodelan molekul melainkan untuk menggambar senyawa kimia. Beruntung masih ada fitur export ke berkas tipe sdf (.mol). Ada beberapa aplikasi lain tapi menurutku GUI-nya kurang “cantik”.
Dan script ini bukan untuk mempermudah pemodel molekul atau pengguna kimia komputasi melainkan mempermudah peneliti yang fokus di bidang lain misal sintesis dan farmakologi untuk memanfaatkan luaran dari pemodelan molekul/kimia komputasi.
radifar
Nov 30th, 2011
Iya sih pak, semoga BKChem ini ke depannya tampilannya bisa lebih cantik.
Dan script ini bukan untuk mempermudah pemodel molekul atau pengguna kimia komputasi melainkan mempermudah peneliti yang fokus di bidang lain misal sintesis dan farmakologi untuk memanfaatkan luaran dari pemodelan molekul/kimia komputasi. –> yup, setuju sekali.
Oh ya pak, bagian script yang ini:
babel -p 7.4 –gen3D -isdf test.mol -osdf test.sdf
kenapa inputnya sdf (-isdf)? Padahal khan format masukannya mol (test.mol). Tapi pada kenyatannya script bekerja dengan baik. Saya jadi bingung.
Enade
Nov 30th, 2011
Karena format berkas .mol adalah sdf.
Silakan check pakai more atau gedit.
radifar
Nov 30th, 2011
Eh iya, formatnya mirip sekali pak, sebenernya beda lho pak, tapi cuman di akhirannya aja, kalau di sdf ada ‘$$$$’.
Tapi nampaknya ‘$$$$’ itu diabaikan.
radifar
Nov 30th, 2011
“semoga BKChem ini ke depannya tampilannya bisa lebih cantik.” >> eh salah tangkep, padahal yang bapak maksud aplikasi lain
–> Ada beberapa aplikasi lain tapi menurutku GUI-nya kurang “cantik”.
Iya sih pak, BKChem software free yang GUI-nya tergolong cantik dibanding software free yang lain.